Tại Việt Nam, cuộc thi sẽ diễn ra tại 2 điểm cầu: Trường Đại học Khoa học Tự nhiên - Đại học Quốc gia Hà Nội và Trường Trung học phổ thông (THPT) chuyên Lê Hồng Phong (TP. Hồ Chí Minh).

Đội tuyển Việt Nam tham dự Kỳ thi gồm 6 thành viên: Phan Hữu An, Đinh Vũ Tùng Lâm, Trương Tuấn Nghĩa (lớp 12, Trường THPT chuyên Khoa học Tự nhiên), Phan Huỳnh Tuấn Kiệt (lớp 12, Trường THPT chuyên Lê Hồng Phong, TP. Hồ Chí Minh), Đỗ Bách Khoa (lớp 12 Trường THPT chuyên Hà Nội - Amsterdam), Vũ Ngọc Bình (lớp 11 Trường THPT chuyên Vĩnh Phúc).

Trước đó, Bộ trưởng Bộ Giáo dục và Đào tạo đã có Quyết định thành lập Hội đồng thi trực tuyến Kỳ thi Olympic Toán học quốc tế 2021. Hội đồng thi trực tuyến có nhiệm vụ giúp Bộ trưởng trong việc chọn đề theo đề nghị của Ban Tổ chức Kỳ thi Olympic Toán học quốc tế 2021, tổ chức dịch đề từ tiếng Anh sang tiếng Việt, chuẩn bị cơ sở vật chất, máy tính, đường truyền để thi trực tuyến theo yêu cầu của Ban Tổ chức. Hội đồng thi trực tuyến bắt đầu làm việc từ 13/7/2021.

Năm nay, học sinh Việt Nam tham dự Kỳ thi sẽ làm bài thi trực tuyến tại 2 điểm thi. Đây là quyết định kịp thời của Cục Quản lý chất lượng khi lãnh đạo đoàn báo cáo về tình hình dịch bệnh Covid-19 ảnh hưởng đến việc di chuyển của học sinh. Cục Quản lý chất lượng cũng đã lên phương án cho em Huỳnh Tuấn Kiệt có thể thi tại nhà do ảnh hưởng của dịch Covid-19.