Theo Kết luận thanh tra, tổng mức đầu tư của 15 công trình là hơn 153,7 tỷ đồng, giá trị quyết toán của 15 công trình là gần 142,8 tỷ đồng. Tại 15 công trình này còn tồn tại một số sai sót trong việc quản lý dự án, khảo sát, thiết kế, thẩm định, giám sát, thi công và nghiệm thu công trình; từ đó, quyết toán công trình hoàn thành cao hơn thực tế 1,4 tỷ đồng.

Qua thanh tra thực tế thi công tại công trình, phát hiện hạng mục gia cố mái taluy của dự án Hạ tầng kỹ thuật Khu tái định cư Đồng Đèo thôn Cần Lương, xã An Dân không bảo đảm về chất lượng. Thanh tra tỉnh có văn bản yêu cầu Sở Xây dựng giám định chất lượng công trình. Sở Xây dựng cũng đã khẳng định hạng mục gia cố mái taluy của dự án có chất lượng bê tông không đạt yêu cầu so với thiết kế.

Đặc biệt, Thanh tra tỉnh Phú Yên phát hiện việc nghiệm thu Dự án Hạ tầng kỹ thuật Khu tái định cư thôn Phú Tân 2, xã An Cư thuộc dự án đầu tư xây dựng công trình mở rộng Quốc lộ 1, do Ban Quản lý Dự án đầu tư xây dựng do UBND huyện Tuy An làm chủ đầu tư có vi phạm.

Theo kết luận thanh tra, công trình này có tổng kinh phí đầu tư hơn 8,7 tỷ đồng từ nguồn vốn trái phiếu chính phủ, thi công từ giữa năm 2014 đến giữa năm 2015. Trong quá trình thi công, có một khối lượng công việc với giá trị gần 700 triệu đồng không thể thi công được do vướng giải phóng mặt bằng. Tuy nhiên, đơn vị xây lắp, chủ đầu tư, đơn vị giám sát vẫn thực hiện thủ tục nghiệm thu hoàn thành toàn bộ công trình với tổng giá trị khối lượng nghiệm thu theo hợp đồng đã ký hơn 8,7 tỷ đồng.

Thanh tra tỉnh Phú Yên yêu cầu Ban Quản lý dự án đầu tư xây dựng huyện Tuy An có trách nhiệm thu hồi, nộp ngân sách nhà nước 1,9 tỷ đồng.