Tưởng nhớ Giáo hoàng Phanxicô, Bộ trưởng Đào Ngọc Dung viết: “Giáo hoàng Phanxicô một nguyên thủ quốc gia, một vị lãnh đạo tôn giáo khiêm nhường, đầy lòng trắc ẩn, luôn quan tâm đến người nghèo, nỗ lực xây dựng thế giới hòa bình, đại đồng, đoàn kết, để lại dấu ấn, tình cảm sâu đậm với các quốc gia, dân tộc, trong đó có Việt Nam. Giáo hoàng qua đời là sự mất mát to lớn đối với Giáo hội Hoàn vũ và Giáo hội Công giáo Việt Nam. Việt Nam trân trọng và ghi nhận những huấn dụ của Giáo hoàng, chỉ dẫn chức sắc, tu sĩ, người Công giáo Việt Nam đồng hành cùng dân tộc để xây dựng đất nước Việt Nam hùng cường, đoàn kết và phát triển”.

Trước đó, Chủ tịch nước Lương Cường, Thủ tướng Chính phủ Phạm Minh Chính đã gửi điện chia buồn đến các lãnh đạo tại Tòa Thánh Vatican, sau khi Giáo hoàng Phanxicô qua đời. 

​Vào ngày 23/4/2025, Bộ trưởng Bộ Dân tộc và Tôn giáo Đào Ngọc Dung đã gửi điện chia buồn đến Hồng y Luis Antonio Tagle - Bộ trưởng Bộ Truyền giáo và Hồng y João Bráz de Aviz - Bộ trưởng Bộ Tu sĩ Tòa thánh Vatican; Thứ trưởng Bộ Dân tộc và Tôn giáo Nguyễn Hải Trung cũng đã gửi điện chia buồn đến Tổng Giám mục Marek Zalewski - Đại diện Thường trú của Tòa thánh Vatican tại Việt Nam, và Tổng Giám mục Giuse Nguyễn Năng - Chủ tịch Hội đồng Giám mục Việt Nam, Tổng Giám mục Tổng Giáo phận Thành phố Hồ Chí Minh.

Ngày 26/4/2025, ông Vũ Hoài Bắc, Trưởng Ban Tôn giáo Chính phủ, Bộ Dân tộc và Tôn giáo đã đến viếng Giáo hoàng Phanxicô tại Văn phòng Hội đồng Giám mục Việt Nam, Thành phố Hồ Chí Minh. Thay mặt Ban Tôn giáo Chính phủ, ông gửi lời chia buồn sâu sắc đến đồng bào Công giáo Việt Nam, trân trọng những tình cảm của Giáo hoàng Phanxicô đối với Đất nước, con người Việt Nam; gửi lời chia buồn của Bộ trưởng Bộ Dân tộc và Tôn giáo đến chức sắc, tu sĩ, đồng bào Công giáo Việt Nam.

​Ngày 25/4/2025, ông Nguyễn Tiến Trọng, Phó Trưởng Ban Tôn giáo Chính phủ, Bộ Dân tộc và Tôn giáo làm trưởng đoàn đến viếng Giáo hoàng Phanxico tại Nhà thờ Chính toà Hà Nội tại thành phố Hà Nội.